Pri ČO terapii môže dôjsť aj ku vzniku komplikácií. Typická je bolesť zubov na tlak, diskomfort pri nosení aparátu. Jej trvanie a intenzita je veľmi individuálna. Obzvlášť na začiatku liečby fixným strojčekom sa môžu na slizniciach líc objaviť oderky alebo otlaky, preto je hlavne na začiatku vhodné prekryť danú časť aparátu ochranným voskom. Sliznica sa neskôr prispôsobí. Demineralizácie skloviny, tzv. biele škvrny vznikajú pri nedostatočnej dentálnej hygiene. Ak ostáva dlhodobo na zuboch povlak, ktorý je plný baktérií a cukrov, tieto baktérie vytvárajú kyseliny, ktoré následne poškodzujú zubnú sklovinu a vytvárajú odvápnenia, ktoré sú vlastne začiatkom zubného kazu. Okrem toho vzniká aj zápal ďasien, ktorý môže pokračovať do zápalu parodontu. Ak pacient ani po opakovaných inštruktážach a absolvovaní dentálnej hygieny nie je schopný dobre čistiť, má lekár právo na predčasné ukončenie liečby. Prioritou je mať zuby zdravé a až potom rovné.
Ďalšou z nie veľmi častých komplikácií je resorbcia (skrátenie) koreňov zubov. Niektorí pacienti majú väčší sklon k rezorbciám. Životnosť zubov zostáva zachovaná. Významnou komplikáciou je recidíva. Každý výsledok ČO terapie má tendenciu k návratu do pôvodného stavu, tzn.,že sa zuby neustále vracajú do svojej pôvodnej polohy, resp. vekom sa posúvajú mierne dopredu a tým dochádza k tzv. terciárnemu stesnaniu, ktoré sa najčastejšie prejaví stesnaním v prednej časti dolného zubného oblúka. Retencia je udržiavacia fáza liečby, ktorá nasleduje hneď po aktívnej liečbe strojčekom, snažíme sa tým zabrániť recidíve. Retenčné platne sa nosia väčšinou na noc a zuby bývajú podlepené aj fixnými retainermi- tenkými drôtikmi z vnútornej strany zubov.